Македонската академија на науките и уметностите ги оцени како неточни и крајно тенденциозни тврдењата на Божидар Димитров, директор на Националниот историски музеј на Бугарија. Смета дека неговите антимакедонски ставови им се добро познати на МАНУ и на пошироката македонска јавност и не заслужуваат посебен коментар.
– Меѓутоа, загрижува фактот што на таквите провокации се „прилепуваат“ наши политички партии, кои, без претходно да ги проверат фактите, ја обвинуваат МАНУ за „молчење за суштински прашања од посебен национален интерес, за наводна нејзина приврзаност кон една или друга политичка партија, за клиентелизам и за поткупливост“. МАНУ енергично и со индигнација ги отфрла ваквите ставови и квалификации. МАНУ е врвна научна и уметничка институција, а нејзината самостојност и независност е загарантирана со Законот за МАНУ – соопшти Претседателството на МАНУ како реакција на обвинувањето од ВМРО-ДПМНЕ.
Во дописот до медиумите МАНУ пишува дека не била и нема да биде приврзок на ниту една политичка партија и дека не поседува информации за преговорите и содржината на договорот за пријателство и соработка меѓу Република Македонија и Република Бугарија поради што, наведува, и не може во оваа фаза од преговорите да ги соопшти своите оцени и ставови.