При влез во Хрватска од Босна и Херцеговина и Србија, моментално има часови чекање поради имплементацијата на новиот систем за влез/излез на ЕУ (EES), кој собира биометриски податоци од сите државјани на трети земји при влегување и излегување од земјата. Системот ја зголемува безбедноста, но ги забавува граничните премини.
Најдолгите чекања се на граничниот премин Бајаково, дури четири часа, по што следува граничниот премин Јасеновац, каде што редот трае околу три часа. На другите гранични премини од Босна и Херцеговина, чекањето е два часа, а на другите гранични премини од Србија, чекањето е помеѓу 30 минути и час и половина.
При влегување по првпат во Хрватска, на државјаните на трети земји им се собираат биометриски податоци, вклучувајќи четири отпечатоци од прсти и фотографија од лицето, кои се чуваат во системот и се користат за сите последователни гранични премини. Службениците ги проверуваат собраните податоци и ги споредуваат сликите од лицето во живо со датотеките во системот.
Системот не се однесува на граѓани на ЕУ, кои продолжуваат да ја преминуваат границата со патна исправа или лична карта, без да обезбедат биометриски податоци. Според властите, EES е воведен за да се зголеми безбедноста и ефикасноста на граничната контрола, но во првите денови од имплементацијата доведе до подолги чекања.