Управата за јавни приходи тврди дека се работи за даночна тајна колку изнесува профитот кој „МЖ Транспорт“ го направи за време на бегалската криза. На бегалците им било наплаќано во евра, без издавање на фискални сметки.
Во кризниот период, регуларните патници плаќале билети по редовните цени од ценовникот на претпријатието, додека пак на бегалците им биле наплаќани билети по цени од 5-25 евра.
Невладините организации и Народниот правобранител предупредиле на дискриминацијата и побарале да се направи финансиска контрола, но и по две години, Даночната управа не кажува дали контролата што ја побараа Омбудсманот и невладините организации била направена.
Во 2015 се проценува дека низ Македонија, во летниот период, поминале над 300 илјади бегалци.
Според тогашниот министер за транспорт и врски, Владо Мисалјловски, цените биле покачени поради тоа што претпријатието имало многу вонредни трошоци за превозот на бегалците.